Administração ColonialNova forma de organizar a colônia, os Governos Gerais, surgiu como alternativa para o desastre das Capitanias Hereditárias.Após a tentativa fracassada de estabelecer as Capitanias Hereditárias, a coroa portuguesa estabeleceu no Brasil o Governo-Geral.
Com o governo-geral pretende reforçar o apoio da Coroa aos donatários e colonos, principalmente no combate aos índios hostis, no desenvolvimento da agricultura e na defesa do território.
Basicamente, os fins do governo Geral seriam:Centralizar o governo
Fiscalizar as Capitanias
Combater os piratas franceses e ingleses
Apoiar a cultura da cana-de-açúcar, que se mostrava lucrativa.
 
Os donatários e colonos, contudo, vêem a nomeação do governador-geral como uma ingerência indevida em suas capitanias. O conflito entre o poder real e o local se dá em torno de questões como a escravização indígena, a cobrança dos tributos reais e o controle das operações militares.
Esta forma de governo vigorou no país de 1548 até a chegada da família real ao Rio de Janeiro, em 1808. O governador-geral é o representante do poder real na colônia. A partir de meados do século XVIII passa a ser chamado pela população de vice-rei.
 
Primeiro governo-geralO primeiro governador nomeado por dom João III é o português Tomé de Sousa. Em 1549, ele funda a cidade de Salvador, na capitania da Bahia (Baía de Todos os Santos), para servir como sede do governo. Lá também pe criado o Primeiro Bispado do Brasil, sendo o primeiro bispo D. Pero Fernandes Sardinha.

Traz para o Brasil os primeiros Jesuítas, que teriam como missão catequisar os índios (projeto chamado de obra evangelizadora do índios) , liderados pelo Padre Manoel da Nóbrega. Cria também os órgãos necessários à cobrança dos tributos, à aplicação da justiça e à organização militar. Com a intenção de atrair novos colonos, distribui sesmarias, terras incultas ou abandonadas, e consegue expandir a atividade açucareira e a criação de rebanhos.
Tomé de souza deu um grande impulso para a agricultura. Introduziu a criação de Gado no Nordeste, construiu armas e deu munições aos colonos. Em 1553, foi substituído por Duarte da Costa, 2º governador.


Segundo governo-geralEm 1553, Duarte da Costa substitui Tomé de Sousa. Logo no início enfrenta várias crises e sua entrada no país foi bastante conturbada.

Padre José de AnchietaDe início, Duarte da Costa se desentende com o bispo D. Fernandes por causa do comportamento de seu filho, D. Álvaro da Costa. Asssim, o bispo é chamado de volta para Portugal.Logo após o incidente, Duarte da Costa trás ao Brasil o padre José de Anchieta, que, junto com o padre Manoel da Nóbrega, funda o Colégio de São Paulo (mas conhecido hoje como Pátio do Colégio), em 25 de Janeiro de 1554.
Duarte da Costa enfrenta também a terrível invasão francesa no Rio de Janeiro, a França Antártica, em 1555. É nessa época que ocorre a Confederação dos Tamoios, onde os índios se aliam aos franceses contra os portugueses. Além desse conflito, também teve de lidar com os primeiros conflitos entre os colonos e os jesuítas acerca da escravidão indígena.
Em 1558 foi substituído por Mém de Sá.

 
Terceiro governo-geralO terceiro governador-geral foi Mém de Sá, que um bom governo durante quase 15 anos. Seu ótimo desempenho contribuiu para firmar a posição a posição do governo geral no conjunto da vida colonial.

Uma de suas primeiras medidas foi a de pacificação dos índios contra os jesuítas. Com a ajuda dos jesuítas, dos padres José de Anchieta e Manoel da Nóbrega e com os reforços vindos de Portugal, Mém de Sá neutraliza a aliança formada entre os tamoios e os franceses, acabando com a França Antártica na Baía de Guanabara.
Outra de suas medidas foi a divisão do Brasil em 2 estados (chamado de União Ibérica): o Estado do Maranhão, com capital em Bélem, e o Estado do Brasil, em Salvador. Esta divisão só seria desfeita em 1775 pelo Marquês de Pombal.
No final de seu governo, depois de sua morte, ocorre outra divisão no Estado do Brasil. O território é dividido em Norte (capital em Salvador) e Sul (capital no Rio de Janeiro).


Mudanças administrativasBuscando adequar-se a essa realidade, o governo-geral oscila entre a centralização e a descentralização. Em 1572, o governo-geral fica dividido entre Salvador e Rio de Janeiro. Volta a se unir em 1578, na Bahia, mas é novamente repartido em 1621. São formados o estado do Brasil, com sede em Salvador, e o estado do Maranhão, sediado em São Luís do Maranhão, com o objetivo de melhorar a defesa militar na Região Norte e estimular as atividades econômicas e o comércio regional com a metrópole. Em 1763, já com o poder centralizado novamente em Salvador, a sede do governo-geral é transferida para o Rio. Pesam nessa decisão os interesses decorrentes do crescimento da mineração no centro-sul do país. O governo-geral vigora até 1808.